Las primeras noticias del edificio donde fue instalada la Tabacalera en Logroño corresponden al año 1596.
Era un convento de los frailes de La Merced dedicados principalmente a la redimir cautivos cristianos.
Las obras de la portada más emblemática del convento, hacia el norte, fueron realizadas en el año 1686. En el siglo XVIII se acometieron diferentes reformas en la fábrica y se creó una Cátedra de Latinidad.
A partir de la Guerra de la Independencia el edificio pasó por distintos usos de tipo militar. Fue cuartel para los franceses en 1808; hospital militar en 1815 para las tropas inglesas; y en 1820 cuartel del regimiento de Jaén. Suprimido el convento en la desamortizacion de 1836 fue almacén y parque de artillería, y definitivamente, hasta que se acomoda como fábrica de tabacos, cuartel de distintos regimientos asentados en la ciudad.